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土壤微生物群落结构也会因重茬而被破坏。重茬使得土壤中病原菌数量剧增，有益微生物的生存空间遭到挤压，土壤微生态系统失衡，根腐病、枯萎病等土传病害频繁爆发。这些病害一旦发生，不仅难以根 治，还会逐年加重，让作物陷入病害的 “泥沼”。
作物根系分泌的自毒物质也会在重茬环境下大量积累。这些物质会抑制种子萌发、根系生长和植株发育，导致作物生长缓慢、植株矮小、叶片发黄等现象，严重影响作物的正常生长。
据统计，重茬导致的作物减产幅度可达 20%-50%，甚至绝收，这对农民的经济收入造成了巨大损失。面对如此严峻的重茬挑战，寻找有效的解决办法迫在眉睫。而微生物菌剂，作为一种新兴的农业技术手段，正逐渐崭露头角，为解决重茬难题带来了新的希望 。
微生物菌剂中富含多种有益微生物，它们在土壤中迅速繁殖，形成优势菌群，与有害菌展开激烈的 “地盘争夺战”。这些有益微生物通过分泌抗生素、抗 菌蛋白等物质，直接抑制有害菌的生长繁殖，就像给作物穿上了一层 “隐形防护服”，有效降低根腐病、枯黄萎病等土传病害的发生几率。
微生物菌剂还能分解土壤中因重茬积累的自毒物质。这些自毒物质如同土壤中的 “慢 性 毒 药”，严重阻碍作物生长。有益微生物能够将其分解转化为无 害物质，解除对作物的毒害，为作物根系营造一个清洁、健康的生长环境。
微生物菌剂还能参与土壤中养分的转化与循环，增强土壤肥力。它们能将土壤中难以被作物吸收的养分，如磷、钾等，转化为可吸收的形态，提高养分利用率，满足作物生长的需求 。
微生物菌剂还能通过调节作物根系的生理功能，增强作物自身的抗病能力。它能刺激作物根系分泌更多的有益物质，这些物质可以吸引更多的有益微生物聚集在根系周围，进一步强化根系的防御体系。有益微生物还能促进作物根系的生长发育，使根系更加健壮，提高作物对病害的抵抗力 。
